Командная строка

Оба пакета устанавливают команду cyberrxn. Выберите один CLI в конкретном окружении, чтобы избежать конфликта имени исполняемого файла. Реализации используют общий закрытый файл входа и основные имена команд.

НастройкаСкопировать ссылку на раздел

cyberrxn auth login
cyberrxn auth status
cyberrxn usage --json
cyberrxn skill --json

auth login запрашивает ключ без вывода на экран, проверяет доступ и сохраняет данные в закрытом файле. auth logout удаляет сохранённый вход. Переменные CYBERRXN_API_KEY и CYBERRXN_BASE_URL переопределяют сохранённые настройки. Чтобы ключ не попал в историю команд, используйте скрытый ввод или окружение.

Поиск источниковСкопировать ссылку на раздел

cyberrxn molecule 'CCN1CCN(CO)C(=O)C1=O' --role product --limit 3
cyberrxn search --products 'CCN1CCN(CO)C(=O)C1=O' --temp 20..80
cyberrxn lookup 'C=O.CCN1CCNC(=O)C1=O>>CCN1CCN(CO)C(=O)C1=O'
cyberrxn stats --json

get <observation-id> [--raw] возвращает полное доказательство; graph <observation-id> — связи. similar <smiles> --threshold 0.7 ищет похожие структуры, а не предсказывает синтез.

Химические командыСкопировать ссылку на раздел

cyberrxn validate 'CCO>>CC=O' --json
cyberrxn balance '[H][H].O=O>>O' --json
cyberrxn balance 'CC(=O)OCC>>CC(=O)O.CCO' --method synrbl --json
cyberrxn convert 'O' --inchi --json
printf '%s' 'CCO' | cyberrxn transform --from smiles --to inchi --json

transform читает представление из stdin, в том числе многострочные MOL/SDF/RXN. Флаг --allow-lossy явно разрешает преобразование с потерей информации. Правила конвертации.

Репорты и реакцииСкопировать ссылку на раздел

report <observation-id> принимает --category, --summary, --quote и обязательный --idempotency-key. reports показывает репорты пространства. contribute читает JSON формата API из stdin; contributions выводит заявки и начисленные вызовы. Эти действия не расходуют квоту химических вызовов.

Точные параметры установленной сборки: cyberrxn <command> --help. Общие параметры — --json, --base-url, --api-key; явно заданное значение переопределяет настройки по умолчанию. JSON сохраняет API-имена полей и подходит для jq и пайплайна агента.